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故事的舞臺是互聯網系統發達的都市「DEN CITY」。
在那裏有經由巨型企業「SOL技術社」通過高度的網絡技術構築而成的被稱爲「LINK VRAINS」的VR空間。人們都在那個VR空間中爲體驗到全新的決鬥而狂熱。可是在「LINK VRAINS」中卻出現了利用決鬥來進行黑客行爲的謎之黑客集團「海諾因騎士團」。而他們的目標是將存在於互聯網的某處的“AI們的世界=電子界”毀滅。
然而在世界受到這樣的威脅時，有一名決鬥者站了出來。而他的名字正是「Playmaker」。
在那場傳奇的戰鬥中，「Playmaker」使用壓倒性的決鬥將「海諾因騎士團」打倒，成功捕獲了「SOL技術社」和「海諾因騎士團」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然後卻突然消聲匿跡了，而他的名字就在互聯網的世界中一瞬間變得聲名遠播，成爲了傳說。
而現在，作爲「Playmaker」的正體的某位高中生藤木遊作，爲了尋找過去發生的某件事件的真相，對再次在「VRAINS」出現的「海諾因騎士團」展開了追擊...... 以此爲契機，命運的齒輪就此轉動……
